人体组织库和组织分析

人类组织储存库和组织分析共享资源 (HTR-TASR) 由癌症中心和病理学系共同资助。 他们的设立是为了促进癌症中心、病理学系、医学院和跨研究所教员的转化研究。 本网站描述了 HTR-TASR 工作人员提供的服务和联系方式，他们可以就标本可用性以及组织学和分子病理学的各个方面提供建议。

宗旨

促进高质量人体组织样本的获取、存储和分发给 UNM 研究人员，用于科学调查，同时遵守适当的伦理、科学和立法原则和法规。

我们使用 NCI 生物样本资源最佳实践 作为我们的向导。

关于 HTR-Tissue

HTR-组织共享资源：

  • 通过允许研究人员访问可能无法获得的保存完好的组织，使未来的患者受益
  • 通过促进创新和临床有价值的研究，加强提供优质患者护理的使命，使 UNM HSC 受益
  • HTR 在分发没有 18 个 HIPAA 个人标识符的去标识化标本方面的诚实经纪人功能保护研究人员免受潜在的 HIPAA 并发症/违规

TASR 提供​​了多种 组织学服务，包括处理和石蜡包埋、石蜡和冷冻切片、H&E 染色、IHC 染色、TMA 构建、幻灯片数字化和图像分析。

赠款申请的 HTR-TASR 服务摘要

人体组织储存库和组织分析共享资源 (HTR-TASR) 能够执行多种技术，并以服务收费的方式提供各种服务。

HTR-TASR 主要从废弃的手术标本中收集匹配的正常和肿瘤组织，并将它们冷冻或作为福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 块存储。 研究人员可以要求获得组织，并获得 IRB（人类研究保护办公室）和组织研究监督委员会（TROC，前身为 SRC）的批准。

HTR-TASR 还可以提供许多不同的组织学和分子服务，例如切片和 H&E 染色、使用 Ventana Discovery Ultra 平台进行免疫组织化学和免疫荧光、创建定制组织微阵列 (TMA)、载玻片数字化（明场和荧光）通过Aperio Versa 200，以及使用 HALO™ 平台（来自位于新墨西哥州阿尔伯克基的总部 Indica Labs）的图像分析。

可以进行各种类型的血液处理，包括通过 Nexelom Cellometer 1000 进行细胞计数和存活率的性能。

一些调查人员需要特别准备的标本或有特定的标本要求。 对于这些获批的研究，HTR 人员将前瞻性地收集标本并根据研究人员的需要进行处理。 此外，还提供一些分子服务，例如 DNA 和 RNA 提取、PCR 和实时 PCR。 应与技术经理和运营经理召开可行性会议，讨论所需的服务。

要确认使用此共享资源，请在您的出版物中包含以下内容：

这项研究得到了 UNM 综合癌症中心支持赠款 NCI P30CA118100 的部分支持，并利用了人类组织储存库和组织分析共享资源，该资源得到了新墨西哥大学医学院病理学系的额外支持。

联系 HTR-Tissue

电话：（505）272，1127
电子邮件：组织银行@salud.unm.edu
Fitz Hall 房间 306B 和 306C
UNM HSC 医学院
病理学系
海安会 08-4640
915 卡米诺德萨鲁德, NE
阿尔伯克基，新墨西哥87131

HTR-TA人员

丹尼斯·麦坎斯博士丹尼斯·J·麦坎斯博士

研究教授，病理学

科学总监

监督资源的所有方面

埃德加·费舍尔，医学博士埃德加·费舍尔医学博士

教授，病理学

医务主任

监督资源的质量控制方面

凯瑟琳·马丁内斯，PD凯瑟琳·马丁内斯 PA

技术经理

监督资源的技术方面

Sadie La Bauve 博士Sadie La Bauve 博士

运营专员

管理日常职责

弗雷德舒尔茨，妈妈弗雷德舒尔茨，妈妈

信息学管理

组织学和分子病理学服务

组织处理和石蜡包埋或快速冷冻组织。 组织可以用 H&E 染色剂染色或保持未染色。

实验室可以使用已有的方案用标准抗体对组织切片进行染色。 或者，实验室可以使用 VENTANA DISCOVERY 平台处理抗体，该平台允许多种染色组合以优化染色结果。

HER-2 和 ER 图像
HER-2 和 ER 双重染色
HTR 组织微阵列 - e-cadherin

组织微阵列设计和构建：这需要收集供体石蜡块，选择感兴趣的区域进行核心，并将核心放置在一个空白的受体石蜡块中。 优势在于速度和成本，因为可以在一张幻灯片上评估多个样本。 典型的 TMA 包含大约 50 到 200 个直径为 0.6mm-2.0mm 的磁芯。 从一个 TMA 块中可以获得大约 50 个切片。

 

（右图：E-cadherin）

HTR-TASR 人员可以从 UNM 医院检索档案组织块。

这通常包括收集手术切除时剩余的多余或残余组织，在采集诊断样本供外科病理学家进行显微镜检查后，将足够的样本保留在石蜡中以备将来对患者护理进行潜在测试。 HTR-TASR 人员将在 UNM HSC 外科病理学的大体解剖室收集组织。 目前，HTR 不进行静脉穿刺，但会根据研究人员的要求储存此类标本。

HTR-TASR 项目顾问可以收集病理学和临床数据，这些数据在编码为匹配样本时去除了 HIPAA 标识符。

图像分析

H&E 或免疫组织化学染色组织切片的图像在 Leica AT2 数字扫描仪上捕获，并上传到 HALO 成像和注释软件。

HALO 软件允许您对组织（肿瘤、基质、肌肉、脂肪等）进行注释，然后对每个这些注释区域内的所选蛋白质（图右）呈阳性的细胞进行计数。 它还将使您能够分析和量化最近邻相互作用。

该软件包括一个图形制作工具，可以创建可发布格式的图像的多面板照片，包括参考帧和比例尺

定量结果图像

该图显示了乳腺癌中 Ki67 染色的量化。 左上图显示组织微阵列样品，中间图显示无 HALO 标记的 Ki67 染色（棕色），右图显示具有 HALO 标记的相同图像。

标记显示肿瘤细胞核中 Ki67 的低水平染色（黄色）、中等染色（棕色）和高水平（红色）。 蓝色染色是 Ki67 阴性的细胞。 该软件可以独立计算肿瘤造口中的Ki67染色。

该表显示了每个染色类别中细胞数量和百分比的读数，直方图显示了染色的分布。

如何申请标本

联系我们 凯茜·马丁内斯 or 萨迪·拉博夫 安排。

在 iLab 中开设您的帐户：

  1. 导航到 iLabs 登录页面.
  2. 在屏幕的右上角，选择 注册账户
  3. 在注册页面填写注册表格。
  4. 收到来自 iLab 的欢迎电子邮件，其中包含登录凭据和说明

在 iLab 中请求服务：

  1. 通过您的部门建立采购申请 (PR)。 将 PR 电邮至 玛丽·谢尔曼 请求将其添加到 iLab 系统中您的实验室下。
  2. 去 iLabs 登录 页面上发布服务提醒。
  3. 在此页面的右上角，输入您的用户名和密码。
  4. 在“请求服务”选项卡下，单击感兴趣的服务（人类组织存储库与分子病理学服务）旁边的“发起请求”。
  5. 在向 HTR 提交请求之前，请填写表格并提供请求的付款信息。
    1. 确保项目名称和 TROC/HRRC/IACUC 编号与您的批准函上的编号相匹配。
    2. 在每个服务类别下，输入所需的编号，然后单击“添加选定的服务”选项卡。 服务将添加在表格底部。
    3. 使用“附加信息”框添加任何重要细节，并附上/上传任何相关文件，例如标本清单或方向说明。
  6. 请求将等待 HTR 审查，HTR 将进行任何必要的更改并提交回以供您批准。 您将收到 iLab 发送的关于您更新的项目请求的电子邮件。
  1. 将您的提案提交给组织研究监督委员会 (TROC)。 联系卡桑德拉·米森纳 在此过程中提供指导。
  2. 一旦 TROC 批准您的提案，请将批准函连同您的申请一起发送至 UNM 人类研究审查委员会 (HRRC) 机构审查委员会 (IRB).

浏览 IRB 申请流程：

  1. 在上面的链接上，单击左侧的“单击 IRB”按钮
  2. 单击屏幕顶部的 IRB 选项卡
  3. 单击左侧的“创建新研究”按钮
  4. 填写表格
  5. 在问题 #7，单击链接转到图书馆并为您的研究选择合适的协议
    1. 如果您的研究只需要去标识化材料，请选择豁免类别 4 协议 (HRP-582)。 *注意：去标识化丢弃的组织可能不需要同意
    2. 如果您的研究不需要获取任何关于活人的信息，请选择非人类主题研究 (HRP-585)
    3. 如果您的研究仅涉及仅为非研究目的（例如医疗和诊断）收集的标本，您可以提交加急提交
  6. 在 HRRC 批准后，通过 iLab 向 HTR 提交组织请求。 您将上传您的 SRC 和 IRB 批准函，并在系统中拥有一个有效的 PR。
  1. 联系 HTR-TASR 进行规划/可行性会议。
  2. 将您的提案提交给组织研究监督委员会 (TROC)。 联系卡桑德拉·米森纳 有关此过程的指导。
  3. 一旦 TROC 批准了您的提案，请将批准函与您的申请一起发送给 UNM 人类研究审查委员会 (HRRC) 机构审查委员会 (IRB)（参见上文说明）。
  4. 联系 HTR-TASR 进行额外的计划会议（通常需要澄清过程的细节。该会议包括获得外科病理学司司长的批准，以确保标本的可用性，同时保持符合国家实验室法规和最佳患者护理。
  5. 如果您在调查结束后仍有组织，您必须将其归还给 HTR
  1. 如果收集的组织的任何部分可能用于研究，您必须获得当地人类研究审查委员会的批准。
  2. 外科病理科主任或其指定人员必须批准样本收集方法，以确保保留足够的代表性组织用于临床护理

库存

收集的组织部位

（包括来自 UNM 的档案组织和针对特定研究的研究人员的前瞻性收集。）

  • 膀胱、血液、骨骼、骨髓、大脑、乳房
  • 胸壁、结肠直肠
  • 隔膜
  • 胆囊
  • 头颈
  • 肾
  • 肝、肺、淋巴结
  • 纵隔
  • 大网膜、卵巢
  • 胰腺、阴茎、腹膜、前列腺
  • 唾液、唾液腺、皮肤、小肠、软组织、脾、胃
  • 睾丸、胸腺、甲状腺
  • 子宫和子宫颈
  • 阴道/外阴

扩大的乳腺癌登记处 (EBCR)

这是一个复杂的组织收集，由 400 多名同意的患者组成，收集了多个时间点和组织类型。 收集了每位患者的以下信息：

  • 最多 5 份血清等分试样/参与者/收集（如基线或 FUP 时间）
  • 最多 10 份血浆等分试样/参与者/收集
  • 来自全血/参与者/采集的 10 份 DNA 等分试样
  • 最多 2 份来自漱口水或拭子/参与者/收集的 DNA 等分试样
  • 乳房组织（细针抽吸物、小瓶和 OCT 模具）——所有情况都不同。

请联系 HTR-TASR 以获取更详细的数据集查询。