人体组织库和组织分析
人体组织库和组织分析 (HTR-TA) 共享资源由新墨西哥大学综合癌症中心和病理学系共同支持和管理。HTR-TA 共享资源 美国病理学家学院 (CAP) 认证.
HTR-TA 共享资源的建立旨在促进新墨西哥大学癌症中心、病理学系、医学院以及跨研究所教师的转化研究。本网站介绍了 HTR-TA 共享资源所提供的服务以及工作人员的联系方式,这些工作人员可就标本可用性以及组织学和分子病理学的各个方面提供建议。
目的
人体组织库和组织分析 (HTR-TA) 共享资源通过向用户提供冷冻或福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 样本的肿瘤和匹配的正常组织来支持基础和转化癌症研究。
关于HTR-TA共享资源
HTR-TA共享资源:
- 通过允许研究人员访问可能无法获得的保存完好的组织,使未来的患者受益
- 通过促进创新和临床有价值的研究,加强提供优质患者护理的使命,使 UNM HSC 受益
- HTR-TA 共享资源在分配不含 18 个 HIPAA 个人标识符的去识别样本时发挥诚实经纪人的作用,保护研究人员免受潜在的 HIPAA 并发症/违规行为的影响
HTR-TA共享资源提供了几个重要的 组织学服务多种大口径枪械:
- 组织处理和石蜡包埋,
- 切片,
- H&E染色,
- i免疫组织化学和数字成像,以及
- 除了储存和释放组织标本外,还对染色切片进行分析。
在获得适当同意后,组织会被采集。这些组织会被保存在一个数据库中,该数据库还包含患者的相关信息(例如姓名、出生日期和自我认定的人口统计学类别)、组织来源和诊断,以及其他变量,包括组织采集方法、缺血时间以及 HTR-TA 收到组织后的处理方式。
目前,HTR-TA 拥有超过 60,000 个生物样本,其中包括超过 20,000 个冷冻生物样本和超过 17,000 个 FFPE 生物样本以及超过 7,000 个血液样本(全血、血清、血浆以及冷冻和低温保存的细胞)。
HTR-TA 组织收集反映了 UNMCCC 集水区内的人口。
HTR-TA 共享资源服务拨款申请摘要
人体组织库和组织分析 (HTR-TA) 共享资源能够执行多种技术,并以收费服务的方式提供各种服务。
HTR-TA共享资源主要从剩余的废弃手术标本中收集匹配的正常和肿瘤组织,并将其冷冻保存或以福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)块的形式保存。研究人员可以申请这些组织,但需获得IRB(人类研究保护办公室)和科学审查委员会(SRC)的批准。
HTR-TA 共享资源还可以提供多种不同的组织学和分子服务,例如切片和 H&E 染色、使用 Ventana Discovery Ultra 平台进行免疫组织化学和免疫荧光、创建定制组织微阵列 (TMA)、通过 Aperio AT2 进行幻灯片数字化(明场)以及使用 HALO™ 平台(来自总部位于新墨西哥州阿尔伯克基的 Indica Labs)进行图像分析。
可以进行各种类型的血液处理,包括通过 Nexelom Cellometer 1000 进行细胞计数和存活率的性能。
一些研究人员需要特殊制备的标本或有特定的标本要求。对于这些已获批准的研究,HTR-TA 共享资源人员将预先收集标本,并根据研究人员的需求进行个性化处理。应与技术经理安排可行性会议,讨论所需服务。
要确认使用此共享资源,请在您的出版物中包含以下内容:
这项研究得到了新墨西哥大学综合癌症中心支持基金 NCI P30CA118100 的部分资助,并利用了人体组织库和组织分析共享资源,该资源还得到了新墨西哥大学医学院病理学系的额外支持。
联系HTR-TA共享资源
电话:(505)272,1127
电子邮件:组织银行@salud.unm.edu
Fitz Hall 房间 306B 和 306C
UNM HSC 医学院
病理学系
海安会 08-4640
915 卡米诺德萨鲁德, NE
阿尔伯克基,新墨西哥87131
存储库标准和认证
在新墨西哥大学 HTR-TA 共享资源中心,我们致力于在生物样本管理、质量保证和伦理监督方面保持最高标准。我们的运营遵循国内外领先组织制定的严格准则和最佳实践:
- 美国国家癌症研究所 (NCI) – 生物样本库和生物样本研究分支机构 (BBRB)
我们遵守 BBRB 的 生物样本资源的最佳实践,为生物样本的收集、处理、储存和分发提供全面指导,以确保一致性和科学完整性。
https://biospecimens.cancer.gov/default.asp - 国际生物和环境档案馆协会(ISBER)
HTR 与 ISBER 保持一致 存储库的最佳实践,一个国际公认的生物样本库管理和治理框架,支持生物和环境科学研究。
https://www.isber.org/page/BPR - 美国病理学家学院 (CAP) – 生物样本库认证计划
HTR 很荣幸通过 CAP 的生物样本库认证计划获得认证,这证明我们在生物样本质量、可追溯性和卓越运营方面符合行业领先标准。
https://www.cap.org/laboratory-improvement/accreditation/biorepository-accreditation-program
这些标准确保我们的生物样本和服务支持高质量、可重复的研究,并为癌症科学和患者护理的进步做出有意义的贡献。
HTR-TA共享资源人员
南希·乔斯特,医学博士
病理学系教授兼系主任
医务主任
监督资源的质量控制方面
凯瑟琳·马丁内斯 PA
技术经理
监督资源的技术方面
弗雷德舒尔茨,妈妈
信息学管理
组织学和分子病理学服务
组织处理和石蜡包埋、石蜡切片,以及组织的速冻和冷冻切片。石蜡和冷冻切片的 H&E 染色。
实验室可以使用已有的方案用标准抗体对组织切片进行染色。 或者,实验室可以使用 VENTANA DISCOVERY 平台处理抗体,该平台允许多种染色组合以优化染色结果。
HER-2 和 ER 双重染色
组织微阵列设计和构建:这需要收集供体石蜡块,选择感兴趣的区域进行核心,并将核心放置在一个空白的受体石蜡块中。 优势在于速度和成本,因为可以在一张幻灯片上评估多个样本。 典型的 TMA 包含大约 50 到 200 个直径为 0.6mm-2.0mm 的磁芯。 从一个 TMA 块中可以获得大约 50 个切片。
(右图:E-cadherin)
这通常包括收集手术切除后剩余的多余或残留组织,这些组织已采集诊断样本供外科病理学家进行显微镜检查,并将足够的样本保存在石蜡中,以便将来用于患者护理的检测。HTR-TA 共享资源人员将在新墨西哥大学医学中心 (HSC) 外科病理科的大体解剖室收集这些组织。目前,HTR-TA 共享资源不进行静脉穿刺,但会根据研究人员的要求储存此类样本。
HTR-TA 共享资源项目顾问可以收集去除 HIPAA 标识符并编码为匹配样本的病理和临床数据。
图像分析
H&E 或免疫组织化学染色组织切片的图像在 Leica AT2 数字扫描仪上捕获,并上传到 HALO 成像和注释软件。
HALO 软件允许您对组织(肿瘤、基质、肌肉、脂肪等)进行注释,然后对每个这些注释区域内的所选蛋白质(图右)呈阳性的细胞进行计数。 它还将使您能够分析和量化最近邻相互作用。
该软件包括一个图形制作工具,可以创建可发布格式的图像的多面板照片,包括参考帧和比例尺

该图显示了乳腺癌中 Ki67 染色的量化。 左上图显示组织微阵列样品,中间图显示无 HALO 标记的 Ki67 染色(棕色),右图显示具有 HALO 标记的相同图像。
标记显示肿瘤细胞核中 Ki67 的低水平染色(黄色)、中等染色(棕色)和高水平(红色)。 蓝色染色是 Ki67 阴性的细胞。 该软件可以独立计算肿瘤造口中的Ki67染色。
该表显示了每个染色类别中细胞数量和百分比的读数,直方图显示了染色的分布。
如何申请标本
联系 凯茜·马丁内斯 安排。
在 iLab 中开设您的帐户:
- 导航到 iLabs 登录页面.
- 在屏幕的右上角,选择 注册订阅
- 请填写注册页面上的表格。如需设置 iLab 帐户或解决访问问题,请联系我们。 帕拉克什·雷迪·班达帕利 或505-272-4539。
- 收到来自 iLab 的欢迎电子邮件,其中包含登录凭据和说明
在 iLab 中请求服务:
- 去 iLabs 登录 页面。
- 在此页面的右上角,输入您的用户名和密码。
- 在“请求服务”选项卡下,单击“发起请求”。
- 在向 HTR-TA 共享资源提交请求之前,请填写表格并提供请求的付款信息。
- 确保项目标题和 SRC/HRRC/IACUC 编号与批准信上的编号相符。
- 在每个服务类别下,输入所需的编号,然后单击“添加选定的服务”选项卡。 服务将添加在表格底部。
- 使用“附加信息”框添加任何重要细节,并附上/上传任何相关文件,例如标本清单或方向说明。
- 您的申请将等待 HTR-TA 共享资源审核,审核完成后将进行必要的修改并提交给您审批。您将收到 iLab 发送的关于更新后项目申请的电子邮件。
- 将您的提案提交给科学审查委员会 (SRC)。 联系 Ernestine Armijo 在此过程中提供指导。
- 填写 SRC 申请表(HRP-224),并附上所有必需的签名,然后提交给 SRC。
- 一旦 SRC 批准了你的提案,请将批准信连同你的申请一起提交给 UNM 人类研究审查委员会 (HRRC) 机构审查委员会 (IRB).
浏览 IRB 申请流程:
- 在上面的链接中,点击页面底部的“irb.health.unm.edu”按钮。
- 单击屏幕顶部的 IRB 选项卡
- 单击左侧的“创建新研究”按钮
- 填写表格
- 在问题#7 处,单击“IRB 库”链接并选择适合您研究的协议。
- 如果您的研究仅需要去识别化材料,请选择豁免类别4方案 (HRP-582)。*注:去识别化废弃组织可能无需知情同意。
- 如果您的研究不需要获取任何关于活人的信息,请选择非人类主题研究 (HRP-585)
- 如果您的研究仅涉及仅为非研究目的(例如医疗和诊断)收集的标本,您可以提交加急提交
- 如果您需要帮助了解 IRB 申请流程或帮助确定哪种协议最符合您的项目需求,请 联系 Ernestine Armijo 寻求帮助。
获得 HRRC 批准后,通过 iLab 向 HTR-TA 共享资源提交组织申请。您需要上传 SRC 和 IRB 批准函,并提交有效的采购申请 (PR)。
浏览 iLab:
- 导航到 iLabs 登录页面.
- 在屏幕的右上角,选择 注册订阅
- 请填写注册页面上的表格。如需设置 iLab 帐户或解决访问问题,请联系我们。 帕拉克什·雷迪·班达帕利 或505-272-4539。
- 收到来自 iLab 的欢迎电子邮件,其中包含登录凭据和说明
在 iLab 中请求服务:
- 去 iLabs 登录 页面。
- 在页面右上角点击“登录”,输入用户名和密码。
- 在“服务请求”选项卡下,单击人体组织库和组织分析共享资源服务请求旁边的“发起请求”。
- 填写表格,包括上传相应的 SRC/IRB/IACUC 批准函,并从下拉菜单中选择 PR 编号。点击“提交申请”。
- 申请状态将等待 HTR 审核。审核完成后,将进行必要的修改并发回审批。
- iLab 的电子邮件将传达项目状态。
- 联系 HTR-TA 共享资源进行规划/可行性会议。
- 将您的提案提交给科学审查委员会 (SRC)。 联系 Ernestine Armijo 有关此过程的指导。
- 一旦 SRC 批准了您的提案,请将批准信连同您的申请一起发送给 UNM 人类研究审查委员会 (HRRC) 机构审查委员会 (IRB)(请参阅上面的说明)。
- 联系 HTR-TA 共享资源进行额外的规划会议(通常需要澄清流程细节)。该会议包括获得外科病理科主任的批准,以确保标本的可用性,同时遵守国家实验室法规和最佳患者护理。
- 如果调查结束后仍有剩余组织,则必须将其归还给 HTR-TA 共享资源。
- 如果收集的组织的任何部分可能用于研究,您必须获得当地人类研究审查委员会的批准。
- 外科病理科主任或其指定人员必须批准样本收集方法,以确保保留足够的代表性组织用于临床护理
库存
收集的组织部位
(包括来自 UNM 的档案组织和针对特定研究的研究人员的前瞻性收集。)
- 膀胱、血液、骨骼、骨髓、大脑、乳房
- 胸壁、结肠直肠
- 隔膜
- 胆囊
- 头颈
- 肾
- 肝、肺、淋巴结
- 纵隔
- 大网膜、卵巢
- 胰腺、阴茎、腹膜、前列腺
- 唾液、唾液腺、皮肤、小肠、软组织、脾、胃
- 睾丸、胸腺、甲状腺
- 子宫和子宫颈
- 阴道/外阴
扩大的乳腺癌登记处 (EBCR)
这是一个复杂的组织收集,由 400 多名同意的患者组成,收集了多个时间点和组织类型。 收集了每位患者的以下信息:
- 最多 5 份血清等分试样/参与者/收集(如基线或 FUP 时间)
- 最多 10 份血浆等分试样/参与者/收集
- 来自全血/参与者/采集的 10 份 DNA 等分试样
- 最多 2 份来自漱口水或拭子/参与者/收集的 DNA 等分试样
- 乳房组织(细针抽吸物、小瓶和 OCT 模具)——所有情况都不同。
请 联系 HTR-TA 共享资源 更详细的查询这个数据集。
